“扬州大学园艺与植物保护学院”组建于2006年9月，学院的办学历史可追溯到1902年张謇先生创办的通海农学堂。1971年开始开办植物保护、果树、蔬菜等本科专业，1982年在全国高校中最早将果树、蔬菜专业合并，开设园艺本科专业，1987年增设观赏园艺本科专业，2016年新增风景园林本科专业。
学院现有植物保护、生态学、园艺、园林、风景园林等5个本科专业，其中植物保护专业是省级特色专业，园艺专业是省级品牌专业，园艺专业和植物保护专业是江苏省”十二五”高校重点建设专业，园艺、园林专业是校级特色专业。
学院拥有植物保护、园艺学2个一级学科博士学位授权点，及“植物病理学”、“农业昆虫与害虫防治”、“农药学”、“蔬菜学”、“果树学”、“观赏园艺学”等8个二级学科博士学位授权点。建有植物保护学科一级学科博士后流动站，植物保护学科是江苏省“十三 五”重点学科，植物保护学科、园艺学科是校级重点学科。有植物保护、园艺学一级学科硕士点2个，二级学科硕士点10个。建有扬州大学水生蔬菜研究室省级研究机构，有扬州大学应用昆虫研究所、经济林研究所、风景园林设计与旅游规划研究所、城市有害生物防治研究所、花卉研究所等5个校级研究机构，有植物保护、园艺与园林2个校级教学实验室，有实验农牧场、智能温室等校内实习场所及中国农科院等校外实习基地20余个。
